Бага нет
Аморта не считается от текущего флота на планете.
Раз в сутки считается статистика, в этот момент считается совокупная амортизация по всем флотам (на планете, лунах, летящих, экспедиции и прочее).
Далее амортизация плавно размазывается по всем планетам пропорционально выработке (наличие или отсутствие флота никак на это не влияют). У вас на лунах выработка 0, значит платить не с чего, поэтому амортизация вычитывается с других планет, где есть чем платить (ну или капает долг).