День ночь добрый.
Буду выражаться своими словами, а не "научными терминами" крафта.

Имеем строительство Постройки Х со временем строительства хххх:yy. Во время строительства Постройки Х повышаем уровень "Фабрики роботов" с 1 допустим до 5 уровня  и попутно отстраиваем "Фабрику нанитов" с 1 уровня допустим до 4 уровня.

Во время строительства (улучшения) данных построек время Постройки Х сокращается в разы с хххх:yy до х:y.
 
Вопрос: Так почему же во время отдыха "Насекомой сущности". Производя ее улучшения с 1 уровня (пример) до допустим 5 уровня время отдыха не сокращается....???  По логике вещей при повышении уровня "Насекомой сущности" пропорционально должно сокращаться и время ее отдыха......

Попробуем пример из жизни.

Вы разгружали вагон руками, вечером лежа на диване и отдыхая вы услышали звонок, вам сказали что завтра у вас будут 3 помощника. Начнете ли вы отдыхать быстрее? :)

P.S. не баг

1. А разве Крафт это жизнь? Здесь много несоответствий....
2. Попробуем пример из жизни.

Вы разгружали вагон руками и сильно устали. Тут позвонил ваш начальник и сказал, что надо разгрузит еще один вагон.  Вы в шоке и т.д.....  Но ваш начальник обещает вам ОчЕнЬ ЖиРнУю премию. Маша рукой на усталость, вы начинаете комплексно принимать:
Женьшень, Гуарана, Родиола розовая, Элеутерококк, Шоколад, Йохимбе, М

ате и в конце концов зашлифовываете все это Фенибутом.

Все в комплексе снимает с вас усталость и повышает вашу работоспособность..
Все перечисленные выше препараты "природного" происхождения как и сущность...

Или возьмем пример, селитра и арбузы... Селитра сокращает время роста и созревания арбуза....

P.S.  Спрашивается и говорится, почему  при улучшении сущностьи она не сокращает время отдыха как при модернизации зданий которые в свою очередь сокращают время постройки..

Кокаин, метамфетамин - можно и три вагона разгрузить, только "структура" начнется снижаться от такой работы на износ.

Семен, Но при апгрейде зданий : Фабрики роботов, нанитки . Строящиеся здания только ускоряют свою постройку. Они же в это время не теряют целостность своей структуры....
Или же используя ускорители структура не меняется и не изнашивается.....

Я же вам уже ответил, данная особенность сделана специально, багом не является. К чему это упорство?